วัดบุญยืน สร้างขึ้นเมื่อ ปี พ.ศ. 2329 ตามตำนานกล่าวว่า เป็นวัดที่สร้าง คู่กับการสร้างเมือง “เวียงป้อ” (เวียงพ้อ) สร้างขึ้นโดย “พระยาเวียงป้อ” จึงเรียนชื่อเมืองตามนามผู้สร้างเมือง แต่มีชื่อนิยมเรียกกันอีกว่า “เวียงสา” หรือ “เมืองสา” เดิมพระยาป้อ ได้สร้างวัดเป็นเพียงสำนักสงฆ์เล็ก ๆ ให้นามว่า “วัดบุญนะ” (ปัจจุบันเป็นที่ตั้งตลาดสดของวัดและอาคารพาณิชย์) ครั้นต่อมาเมื่อผู้ครองนครน่านนามว่า เจ้าฟ้าอัตถวรปัญโญ เสด็จประพาสเวียงป้อ (เวียงสา) ทรงเห็นว่าวัดบุญนะคับแคบไม่อาจขยายให้กว้างขวางได้ ประกอบกับเจ้าอาวาสขณะนั้น คือ พระอธิการนาย (ครูบานาย) และราษฎรได้เห็นพ้องต้องกันด้วย ดังนั้น เจ้าฟ้าอัตถวรปัญโญ จึงให้ย้ายวัดมาสร้างใหม่ห่างจากวัดเดิมประมาณ 3 เส้น ทางด้านทิศเหนือบนฝั่งขวาของลำน้ำน่าน เมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2329 บริเวณที่ตั้งมีป่าไม้สักที่สมบูรณ์ จึงใช้ไม้สักสร้างวิหาร กุฎิสงฆ์ และ ศาสนวัตถุอื่น ๆ เป็นจำนวนมาก และได้พระราชทานนามวัดใหม่ว่า “วัดป่าสักงาม”

ต่อมาเมื่อ พ.ศ.2343 ได้โปรดเกล้าให้หมื่นสรรพช่างก่อสร้างพระวิหาร กว้าง 15 เมตร ยาว 30 เมตร และสร้างพระพุทธรูปยืน ปางประทับยืน พระประธานในวิหาร หันพระพักตร์ไปทางด้านทิศเหนือ ขนาดสูง 8 ศอก (4 เมตร) ดังนั้น จึงเรียกชื่อ วัดป่าสักงาม เป็น “วัดบุญยืน” ตามลักษณะพระพุทธธูป ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา จนถึงปัจจุบัน

วัดบุุญยืน ได้รับพระราชทานยกฐานะจากวัดราษฎร์ เป็นวัดพระอารามหลวง เมื่อวันที่ 22 เมษายน พ.ศ.2539 และทุกปี วัดบุญยืนจะได้รับพระกฐินพระราชทานจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ที่ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าให้บุคคล หน่วยงาน องค์กรต่าง ๆ รับเป็นเจ้าภาพ นำไปถวายวัดพระอารามหลวงทั่วประเทศ